علی شمخانی، دبیر شورای عالی امنیت ملی این شایعه را که در حادثه منا برخی از فرماندهان نظامی و غضنفر رکن‌آبادی، سفیر پیشین ایران در لبنان، ربوده شده‌اند رد کرد و آن را «غیرواقعی» خواند.
شمخانی روز چهارشنبه ۸ مهر در گفت‌وگو با خبرگزاری تسنیم گفت: «ربودن برخی فرماندهان نظامی و رکن‌آبادی در حادثه منا تحلیل ذهنی و غیرواقعی است.»
او دلیل انتشار چنین خبرهایی را «همکاری» کشورهای عربی با اسرائیل دانست و گفت: «همین موضوع باعث شده تا چنین شک و ظن‌هایی صورت گیرد، اما این‌گونه نیست که این حادثه تعمدی باشد و بیشتر ناشی از بی‌کفایتی و ناکارآمدی سیستم‌های مدیریتی بوده است.»
علی‌اکبر ولایتی، مشاور رهبر جمهوری اسلامی در امور بین‌المللی و رئیس مرکز تحقیقات استراتژیک مجمع تشخیص مصلحت نظام، روز سه‌شنبه ۷ مهرماه مفقود شدن گروهی از مسئولان جمهوری اسلامی در حادثه منا را «ظن‌برانگیز» خواند و گفت: «برخی افراد رده بالای ما در این حادثه مفقود یا کشته شدند و عربستان باید جهت پیگیری این موضوع و اقدامات مربوط به آن اقدامات لازم را انجام دهد.»
روز یکشنبه 5 مهرماه «بولتن نیوز» به نقل از سایت عربی «نهرین‌نت» نوشت «شماری از دیپلمات‌ها گزارش‌های اطلاعاتی اولیه‌ای را رد و بدل می‌کنند که بر اساس آن احتمالاً موساد (سازمان اطلاعات اسرائیل) و سازمان اطلاعات عربستان برای یک عملیات اطلاعاتی حساب‌شده تدارک دیده بودند تا شماری از مسئولان ایرانی از جمله تعدادی از مسئولان سپاه پاسداران انقلاب اسلامی، سفیران و کارمندانی را که در دفتر آیت‌الله خامنه‌ای رهبر جمهوری اسلامی کار می‌کنند بربایند.»
این گزارش نام گروهی از این افراد را اعلام کرد، از جمله غضنفر رکن‌آبادی سفیر پیشین ایران در لبنان، از افراد مهم در دفتر علی خامنه‌ای و از کسانی که بر اسرار مسلح کردن حزب‌الله لبنان توسط ایران آگاه است، علی‌اصغر فولادگر رئیس دفتر مطالعات راهبردی سپاه پاسداران، حسن دانش، فواد مشغلی، عمار میرانصاری، حسن حسنی و شمار دیگری از نیروهای سپاه پاسداران.
گزارش «نهرین‌نت» اما از سوی رسانه‌های معتبر و مستقل تأیید نشد.
