رهبر جمهوری اسلامی که پیش از این اعلام کرده بود در مورد رد یا تصویب توافق اتمی وین دست‌کم به مجلس توصیه‌ای ندارد، ضمن حمله دوباره به آمریکا، مصوبه شورای عالی امنیت ملی درباره توافق اتمی را تائید کرد و در عین حال برای اجرای این توافق شرط گذاشت.
بر اساس گزارش وب‌سایت رهبر جمهوری اسلامی، آیت‌الله علی خامنه‌ای روز چهارشنبه، 29 مهر، در نامه‌ای رسمی به رئیس جمهور با تاکید بر این که قانون اخیر مجلس و «ملاحظات ده‌‌گانه ذیل مصوبه شورای عالی امنیت ملی» درباره اجرای توافق اتمی وین «باید رعایت شود»، دستورات دیگری را درباره اجرای این توافق صادر کرد.
علی خامنه‌ای در نامه خود همچنین متذکر شد که توافق اتمی وین «دچار نقاط ابهام و ضعف‌های ساختاری… متعددی است که در صورت فقدان مراقبت دقیق… می‌تواند به خسارت‌های بزرگی برای حال و آینده کشور منتهی شود».
آقای خامنه‌ای در دستورات خود «هر گونه» اظهار نظر مقامات در کشورهای طرف مذاکره ایران مبنی بر حفظ «ساختار تحریم‌ها» را به «منزله نقض» توافق اتمی وین دانست.
وی خواستار دادن «تضمین‌های قوی و کافی» از سوی آمریکا و اروپا برای لغو تحریم‌ها شد که «از جمله آن اعلام کتبی رئیس جمهور آمریکــا و اتحادیه اروپا مبنی بر لغو تحریم‌ها است».
رهبر جمهوری اسلامی همچنین نوشت که «در اعلام اتحادیه‌اروپا و رئیس جمهور آمریکا باید تصریح شود که این تحریم‌ها به‌کلی برداشته شده است».
آقای خامنه‌ای همچنین تهدید کرده است که «در سراسر دوره هشت ساله» وضع هر گونه تحریم «در هر سطح و به هر بهانه‌ای» از جمله «تروریسم و حقوق بشر» توسط کشورهای طرف مذاکره ایران «نقض» توافق اتمی وین «محسوب خواهد شد» و دولت موظف است اجرای این توافق را متوقف کند.
پیش از این سعید جلیلی، مذاکره‌کننده سابق اتمی ایران، این ایراد را به برجام وارد کرده بود که با وجود اجرای توافق اتمی وین «ساختار» تحریم‌ها علیه ایران «حفظ خواهد شد».
در همین حال علیرضا زاکانی، رئیس کمیسیون برجام مجلس، در پیشنهادی خواستار آن شده بود که در صورت وضع تحریم حقوق بشری جدید علیه جمهوری اسلامی اجرای توافق اتمی وین متوقف شود.
رهبر جمهوری اسلامی در دستورات خود تاکید کرده که اقدام در مورد نوسازی کارخانه آب سنگین اراک «تنها در صورتی آغاز خواهد شد که قرارداد قطعی و مطمئن درباره طرح جایگزین و تضمین کافی برای اجرای آن منعقد شده باشد».
وی نوشت: «معامله اورانیوم غنی‌‌شده موجود در برابر کیک زرد با دولت خارجی در صورتی آغاز خواهد شد که قرارداد مطمئن در این باره همراه با تضمین کافی منعقد شده باشد. معامله و تبادل مزبور باید به تدریج و در دفعات متعدد باشد.»
آقای خامنه‌ای همچنین اعلام کرد که اقدامات مربوط به این دو بند «تنها هنگامی آغاز خواهد شد که آژانس پایان پرونده موضوعات حال و گذشته (pmd) را اعلام نماید».
آژانس بین‌المللی انرژی اتمی روز پنج‌شنبه، 23مهر، اعلام کرد که تهران بر اساس «نقشه راه» هر آن چه را که برای ارزیابی گذشته برنامه هسته‌ایش لازم بوده در اختیار این نهاد گذاشته است.
یوکیا آمانو، مدیرکل آژانس، قرار است روز 15 دسامبر گزارش نهایی خود را در این باره به شورای حکام ارائه کند.
نمایندگان ایران، آمریکا و چین روز دوشنبه با صدور بیانیه‌ای اعلام کردند که نوسازی و بازطراحی رآکتور اراک «با مدیریت و رهبری ایران» انجام خواهد شد.
رهبر جمهوری اسلامی در نامه خود همچنین با اشاره به «وجود پیچیدگی‌ها و ابهام‌ها در متن برجام و نیز گمان نقض عهد و تخلفات و فریبکاری در طرف مقابل به‌ویژه آمریکا» خواستار تشکیل هیئتی از سوی شورای عالی امنیت ملی برای «رصد پیشرفت کارها و انجام تعهدات طرف مقابل» و همچنین «تحقق» دستورات روز چهارشنبه‌اش شد.
