علی خمینی، نوه آیت‌الله روح‌الله خمینی از اعدام‌های دهه 1360 در ایران دفاع کرده است.
آقای خمینی سه‌شنبه شب در مراسمی در مدرسه فیضیه قم با مقایسه انقلاب ایران و انقلاب‌های اخیر در کشورهای عربی گفته است دلیل سرنوشت متفاوت جمهوری اسلامی نسبت به دیگر حکومت‌های روی کارآمده پس از انقلاب‌ها “مدیریت” آیت‌الله خمینی بوده است.
به گزارش فارس علی خمینی گفته است: “این طور نبود که وضعیت ایران در زمان تحقق انقلاب اسلامی، بهتر از کشورهای منطقه بود، چرا که در غرب، جنوب، شرق و حتی شمال کشور غائله هایی داشتیم و این مدیریت امام خمینی بود که آن غائله‌ها را مدیریت کرد و کشور رفته رفته به آرامش رسید.”
او در ادامه گفته است: “امروز یک عده‌ای برای منافقین دل می‌سوزانند که چرا اعدام کردید؟ آنها کسانی بودند که در مقابل حکومت ایستادند و جنایاتی کردند که داعش آنها را نمی کرد. آنان رئیس جمهور، نخست وزیر و بسیاری از بزرگان کشور را ترور کردند.”
در ادبیات رسمی جمهوری اسلامی”منافقین” اصطلاحی است که برای اشاره به اعضای سازمان مجاهدین خلق به کار می‌رود.
علی خمینی گفته است اگر رهبر پیشین ایران “در مقابل این جنایات نرمش از خود نشان می‌داد که کشور پس از 30سال هم رنگ آرامش به خود نمی‌دید.”
بیش از 15 هزار نفر از مخالفان جمهوری اسلامی، عمدتا از هواداران گروه‌های چپگرا و مجاهدین خلق، در دهه شصت اعدام شدند. چند هزار نفر از آنان افرادی بودند که حکم حبس خود را می‌گذراندند اما در سال 1367 به دستور آیت‌الله خمینی به طور دسته‌جمعی اعدام و دفن شدند.
